Peter Wijkstra is sinds 2000 als longarts werkzaam in het UMCG en sinds 2003  medisch hoofd van het Centrum voor Thuisbeademing (CTB) dat de zorg draagt van meer dan 1000 patiënten in Noord – Nederland. Daarnaast was hij van 2007 tot 2009 voorzitter van de Nederlandse Vereniging van Artsen voor Longziekten en Tuberculose (NVALT). Tevens  is hij die periode ook betrokken geweest bij de oprichting van de Netherlands Respiratory Society (NRS), waarvan hij van 2014 tot 2016 voorzitter is geweest. In de afgelopen jaren heeft hij naast bovengenoemde klinische en bestuurlijke werkzaamheden, het wetenschappelijk onderzoek op het gebied van de thuisbeademing verder ontwikkeld zowel nationaal als ook internationaal. In 2016 is hij aan Rijksuniversiteit in Groningen benoemd tot hoogleraar met de leeropdracht Longziekten en Tuberculose, in het bijzonder de chronische ademhalingsondersteuning.